契約内容によります。契約内容が当初参画した部署のプロジェクトに限定されているのであれば、別の部署での作業については契約の範囲外の行為ということになるため、そのまま作業をすれば、ある意味で報酬等の何の取り決めもないまま労務提供・技術提供するということになります。 そのような場合は、なし崩し的に契約外のことにも対応するのではなく、紛争予防の観点から、新たに契約書を巻き直す等の対応をされることをお勧めします。